Bröd med fyllning har framställts sedan urminnes tider. Den kan inte enkelt hänföras till ett visst land eller en bestämd region och närbesläktade rätter som falmmkuchen/flammekueche eller coca brukar inte kallas för pizza. En populär åsikt är att dagens pizza ingår i det italienska köket och har sitt ursprung i Neapel.
Ordet "pizza" förekommer för första gången år 997 på medelstidlatin, och det var i Neapel i 1500-talets Italien som det först avsåg en galette-brödskiva. Man har spekulerat i att latinets verb pìnsere, att trycka, kan ha varit ursprung. Antik grekiska innehåller emellertid orden πικτή (pikte), "jäst bakverk", som på latin blev "picta", och på senlatin pitta (uttalades pizza), samt πίσσα (pissa eller pitta, ungefär "stampad") eller ptea (kli och petites, klibröd). En annan teori är att ordet är av germanskt ursprung – eventuellt förmedlat till italienskan via langobarderna - och besläktat med det svenska ordet bit (med betydelsen 'brödbit'). Ordet kan också komma från latinens "pix" som betyder "beck". I svenska språket är ordet "pizza" belagt sedan 1960-talet.
Brödet, utan fyllning, var emellertid känt tusentals år tidigare. Föregångaren till pizzan var förmodligen focaccia, som är ett italienskt bröd som kommer från Ligurien. Focacciadeg liknar en pizzadeg till sin struktur och består av mjöl med mycket gluten, matolja, vatten, salt och jäst. Det var känt av etruskerna redan på 800-talet f.Kr. Assyrierna kände till en liknande framställningsteknik redan under andra årtusendet f.Kr. och även om det bara var ett bröd utan fyllning så är också de ett slags förfäder till pizzan.
Antikens greker fick tidigt – före 500-talet f.Kr. – idén att baka bröd i runda, platta former och därefter lägga till saker på toppen. En kombination av olivolja, gröna blad och vissa kryddor var en favorit. Bladen var typiska för att toppa anrättningen, tillsammans med vissa typer av kött och även dadlar och annan frukt.
De antika grekerna hade dock inte tillgång till tomater till tomatsåsen, eftersom tomatplantan härstammar från Peru i Sydamerika och inte började föras till Europa förrän tidigast under 1500-talet eller 1600-talet. Många ansåg att tomater var giftiga, då de var nyupptäckta bland européer efter spanjorernas utforskande i den nya världen.
Osttillverkningen är av äldre datum i mänsklighetens historia. Ost, baserad på såväl komjölk som getmjölk framställdes 6000 år f.Kr., och arkeologiska bevis för egyptisk ost har ses i egyptiska gravmålningar, daterade till ca 2000 f.Kr. De tidigaste ostarna var sannolikt ganska sura och salta, med samma smuliga konsistens som dagens rustika keso eller fetaost. Antikens greker hade inte mozzarellaosten. Efter att korsriddare introducerat indiska vattenbufflar i Italien under medeltiden föddes idén om att toppa pizzan med färsk buffelmozzarella.